Les fouilles de Saint-Bernard ont permis la découverte d’objets datant de l’âge de la pierre polie et du bronze, puis de l’époque gallo-romaine et burgondo-franque. La petite bourgade fut témoin d’une grande bataille sous Jules César, sur le plateau de la Bruyère.
Saint-Bernard s’appelait jadis Spinosa (probablement du nom des bruyères ou encore des acacias si nombreux su la commune) jusqu’au XI° siècle, date à laquelle la paroisse dépendante de l’abbaye de Romans en Dauphiné, prit le nom de son fondateur Saint-Barnard ( le village prendra le nom de Saint-Bernard suite à une coquille). Seigneurie dépendante de la famille Chabeu de saint Trivier, elle fut vendue en 1250 aux châtelains de Riottiers, puis à Guichard V, sire de Beaujeu qui l’aliéna à l’église de Lyon quelques années plus tard.
Jusqu’à la révolution, elle fut possession des seigneurs de Montribloud. En plus des luttes incessantes entre seigneurs, Saint-Bernard supporte au XIV° siècle, l’invasion terrible de mercenaires bandits appelés « tard-venus ». Au milieu du XV° siècle, la commune fait partie du Franc Lyonnais.